Ну часть настроек они сохраняют. Возможно проблема в том, что контроллер поменял IP и/или платформу, вот точки и считают, что это новый контроллер, а раз так то он тоже их не видит, считая их уже заодопченым другим. Попробуйте device discovery
UniFi is rethinking IT with industry-leading products for enterprise networking, security, and more unified in an incredible software interface.
www.ui.com
Или сбросьте 1 точку на заводские и посмотрите.